Ở Bộ, ngành Trung ương, nhiệm vụ quân sự, quốc phòng (QSQP) được Ban cán sự Đảng, Đảng ủy Bộ quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo theo nhiệm vụ QSQP hằng năm và các nhiệm vụ chiến lược, chiến dịch theo chức năng nhiệm vụ của từng Bộ, ngành, của thế trận khu vực phòng thủ chiến trường, quân khu.
Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo thường nằm trong cơ cấu Hội đồng GDQP&AN Trung ương, Ban chỉ huy Quân sự (CHQS) Bộ, Thứ trưởng làm trưởng ban.
Cơ quan Thường trực Hội đồng GDQP&AN Trung ương là Bộ Tổng Tham mưu Quân đội nhân dân Việt Nam (trực tiếp là Cục Dân quân Tự vệ). Hằng năm, Bộ Quốc phòng tổ chức tập huấn cho Bộ, ngành trung ương nội dung, các nhiệm vụ QSQP triển khai theo chỉ lệnh của Tổng Tham mưu trưởng. Căn cứ vào nhiệm vụ QSQP, hằng năm các bộ, ngành triển khai các nghị quyết, chỉ thị, kế hoạch QSQP của ngành mình.
Do đặc thù nhiệm vụ GDQP&AN Bộ Giáo dục và Đào tạo, ngoài nhiệm vụ QSQP, an ninh hằng năm, GDQP&AN giáo dục cho học sinh, sinh viên là một nội dung bắt buộc trong chương trình giáo dục quốc gia để đào tạo nguồn nhân lực, xây dựng và bảo vệ Tổ quốc. Do đó, tổ chức bộ máy QSQP ở Bộ GD&ĐT có tính đặc thù riêng đặt dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Bộ GD&ĐT, sự phối hợp, chỉ đạo nghiệp vụ của Bộ Quốc phòng và Bộ Công an.
Khác với nhiều bộ, ngành, Bộ GD&ĐT có hệ thống QSQP, an ninh và triển khai nhiệm vụ GDQP&AN trên toàn quốc, đa dạng, phức tạp, với đặc thù nhiều thành phần tham gia thực hiện từ lãnh đạo Bộ, cơ quan Bộ đến cán bộ giáo viên, giảng viên cơ sở, sinh viên, học sinh, lực lượng tham gia nhiệm vụ GDQP&AN đến hàng triệu người.
Ở Trung ương, Bộ GD&ĐT nằm trong khu vực phòng thủ của Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội, hằng năm Bộ GD&ĐT phải chỉ đạo Sở GD&ĐT về nhiệm vụ diễn tập khu vực phòng thủ. Nội dung diễn tập, xử lý tình huống khác nhau, gắn với đặc thù bố trí mạng lưới trường học, khu vực thành thị, nông thôn, khu trọng điểm kinh tế, quân sự quốc phòng...
Các nội dụng Bộ GD&ĐT chỉ đạo đơn vị ở địa phương về nhiệm vụ GDQP&AN đều được thông báo cho ban chỉ đạo khu vực phòng thủ, địa phương để phối hợp giúp đơn vị tổ chức thực hiện.
Ở địa phương: Các đơn vị học viện, trường, Sở GD&ĐT dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Ban Chỉ đạo khu vực phòng thủ báo cáo thực hiện nhiệm vụ, đề xuất với Bộ GD&ĐT những yêu cầu cần được bảo đảm để thực hiện nhiệm vụ theo chỉ đạo của Bộ GD&ĐT, hướng dẫn nhiệm vụ QSQP, an ninh hằng năm.
Nhiệm vụ quân sự, quốc phòng, an ninh của các bộ, ngành Trung ương không những được tổ chức thực hiện trong ngành, mà còn có sự phối hợp của bộ, ngành, địa phương để tổ chức các nhiệm vụ QSQP, an ninh cần chặt chẽ, khoa học, sáng tạo, gắn kết với nhau mới tạo được tính hiệu quả, có chiều sâu và vững chắc. Ở Bộ GD&ĐT, các Sở GD&ĐT tổ chức Hội thao QSQP, an ninh cho học sinh THPT đều có sự chỉ đạo, tạo điều kiện tối đa của các Bộ Chỉ huy Quân sự, Công an tỉnh, thành phố. Các trường quân sự quân khu, tỉnh, thành phố, các học viện, nhà trường Quân đội, Công an đều đăng cai tổ chức tập huấn nhiệm vụ QSQP hằng năm. Các hội thi, hội thao toàn quốc về QSQP, an ninh được tổ chức định kỳ 2 năm, 4 năm một lần như: Hội thi giáo viên dạy giỏi GDQP&AN trong trường THPT toàn quốc; Hội thi học sinh giỏi GDQP&AN toàn quốc…
Nội dung GDQP&AN cho giáo viên, giảng viên, học sinh, sinh viên do Bộ GD&ĐT chủ trì có sự tham gia của các cơ quan bộ, ngành Trung ương. Đặc biệt, kiến thức cập nhật về Luật Quốc tế về chủ quyền biển đảo; các nội dung mới liên quan đến nhận thức, kỹ năng QSQP, an ninh, các văn bản quy phạm pháp luật như nghị định, thông tư về GDQP&AN luôn có sự tham gia tích cực của Bộ Quốc phòng, Bộ Công an, Bộ Tư pháp, Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội, Văn phòng Chính phủ...
Qua thực tế công tác GDQP&AN ở Bộ GD&ĐT khẳng định rằng: Nhiệm vụ quân sự, quốc phòng, an ninh đối với bộ, ngành Trung ương là rất quan trọng. Do đó, để nâng cao chất lượng công tác QSQP, an ninh đòi hỏi các cơ quan, tổ chức cần:
1. Đưa vào nội dung chấm điểm thi đua của cá nhân Ban CHQS Bộ GD&ĐT, tập thể Bộ GD&ĐT để đảm bảo đánh giá toàn diện trong chất lượng lãnh đạo, chỉ đạo, tăng cường QPQS, an ninh trên các nội dung chính:
- Chỉ đạo diễn tập về nội dung.
- Phối hợp với các bộ, ngành về nhiệm vụ quân sự, quốc phòng, an ninh.
- Nghị quyết, văn bản, kế hoạch chỉ đạo QPQS, an ninh.
- Khen thưởng, kỷ luật về QPQS, an ninh.
2. Đầu tư cho nhiệm vụ QPQS, an ninh không những về kiến thức cho lãnh đạo (các Trưởng ban) mà cả về ngân sách, trang bị vũ khí theo các nhiệm vụ.
3. Tăng cường kiểm tra tổ chức thực hiện nhiệm vụ QSQP, an ninh của các bộ, ngành Trung ương.